SMPN Satu Atap 2 Batukandik berdiri sejak 10 Februari 2008 berdasarkan
SK Bupati Klungkung Nomor: 16 Tahun 2008. Sebagai cikal bakal pendirian sekolah
ini adalah SMP Terbuka yang saat itu bernaung di bawah SMPN 5 Nusa Penida.
Lahirnya SMPN Satu Atap 2 Batukandik merupakan hasil perjuangan dari tokoh
masyarakat setempat yang gigih mengusulkan pendirian SMP dengan memperhatikan
fakta lapangan bahwa jumlah penduduk yang cukup banyak tidak dibarengi dengan
ketersediaan sekolah menengah pertama yang terjangkau, sehingga banyak anak
usia sekolah yang terpaksa berhenti setelah lulus SD.
Pada awal pendiriannya, SMPN Satu Atap 2 Batukandik seatap dengan SDN 3
Batukandik yang berlokasi di Banjar Dungkap, Dusun Dungkap I, Desa Batukandik,
Kecamatan Nusa Penida, Kabupaten Klungkung. Sehingga, kegiatan administrasi dan
proses pembelajaran memanfaatkan gedung SDN 3 Batukandik. Tenaga pengajar saat
itu adalah guru-guru honorer yang berasal dari beberapa guru-guru SDN 3
Batukandik, sejumlah guru dari SMPN lainnya, dan kalangan umum yang memiliki
kualifikasi pendidikan yang memadai. Persentase guru honorer berkurang drastis
sejak sekolah mendapatkan guru CPNS sejumlah 14 orang tahun 2010. Kepala
sekolah SDN 3 Batukandik saat itu, Drs. I Wayan Darsana, juga merangkap sebagai
Kepala SMPN Satu Atap 2 Batukandik. Namun demikian, sejak tahun 2013, di masa
kepemimpinan Made Tantra, S.Pd., kegiatan administrasi dan proses pembelajaran
dipindahkan ke gedung baru, terpisah dari SDN 3 Batukandik, yang berlokasi di
Dusun Bingin, Desa Batukandik, Kecamatan Nusa Penida, Kabupaten Klungkung
hingga saat ini. Meskipun lokasi gedung sudah terpisah, Kepala SDN 3 Batukandik
masih merangkap Kepala SMPN Satu Atap 2 Batukandik hingga ditugaskan kepala
sekolah definitif terhitung sejak 7 Mei 2021, yaitu I Made Sudarma, S.Pd. ,
yang sebelumnya adalah guru di SMPN 1 Nusa Penida berdasarkan Keputusan Bupati
Klungkung Nomor: 824/350/BKPSDM/2021.
Dari sejak berdirinya hingga saat ini, SMPN Satu Atap 2 Batukandik telah
berhasil mencetak ratusan lulusan. Bahkan sejumlah alumni berhasil melanjutkan
studi hingga pendidikan tinggi dan kembali ke almamater untuk menjadi pendidik.
Kedepannya, SMPN Satu Atap 2 Batukandik akan dan selalu berupaya untuk
menghasilkan lulusan-lulusan yang berkarakter.